18 июня 2008 года стал знаковым днем для клуба Барселона. Луис Энрике был назначен тренером команды Барселона B, заменив на этом посту Хосепа Гвардиолу, который только что возглавил первую команду. В своей речи Луис отметил: "Я вернулся домой — я закончил играть здесь и теперь начинаю тренировать здесь".
Этот шаг оказался успешным. В течение трех сезонов, с 2008 по 2011 год, Луис Энрике заложил основы своей тренерской карьеры. Он добился повышения команды из третьего дивизиона во второй, а затем занял историческое третье место с рекордом в 71 очко. Однако команда не могла выйти в Ла Лигу, так как две команды одного клуба не могут играть в одном чемпионате.
Луис Энрике стремился создать команду с высокой интенсивностью и менталитетом победителей, а также развивать будущих звезд. Он способствовал росту и интеграции таких талантов, как Серхи Роберто, Тьяго Алькантара и Марк Бартра, прежде чем они попали в первую команду. В 2011 году он покинул Барселону, чтобы тренировать Рому в течение одного сезона, затем Цельту в следующем, а в 2014 году вернулся в клуб, возглавив первую команду и приведя ее к историческому триплету в 2015 году, включая победу над Ювентусом в Берлине.